Năm 22 tuổi, Jimmii Nguyễn từng dự định kết hôn với một cô gái người gốc Hà Nội. Tuy nhiên, trước ngày cưới không lâu, vợ sắp cưới của anh bị cưỡng bức và giết chết với 187 vết chém trên người. Cộng với cái chết của em gái, anh bị trầm cảm nặng, phải trải qua một năm điều trị ở bệnh viện tâm thần và mất một thời gian dài sau đó để trở lại với cuộc sống bình thường.[3]

Sau khi về Việt Nam biểu diễn, từng có nhiều đồn đoán về mối quan hệ của Jimmii Nguyễn với nhiều người đẹp, trong đó có cả Hoa khôi Thể thao năm 2000 Nguyễn Hồng Hà. Tuy nhiên, nhiều thông tin truyền thông cho rằng anh và trợ lý của mình (cũng là một ca sĩ) Ngọc Phạm có mối quan hệ khăng khít và đã có chung với nhau một đứa con nhưng cho đến nay hai người vẫn không làm lễ cưới.[4] Thông tin mới nhất thì hai người sống rất hạnh phúc, và Jimmii Nguyễn có một gia đình hạnh phúc với Ngọc Phạm.[5]